经过多次调整线路规划，根据最新发改委十三五轨道交通规划方案（2015-2021）。目前确认S6为老机场（顺义）和新机场（大兴）联络线，原有牛栏山 、马坡、顺义站确认取消。
一期：
牛栏山（已取消）
马坡（已取消）
顺义（已取消）
一期支线：
首都机场3号航站楼东
一期：
国门商务区
徐辛庄
龙旺庄
通运门
通州火车站
京州
万盛南街西口
亦庄火车站
北京地铁亦庄线
马驹桥
鹿海园
瀛海
磁各庄
黄村火车站
二期：
芦城
阎仙垡
广阳城
良乡火车站
北京的未来发展是什么？
★老规划
难适应新形式
根据1993年国务院批准《北京城市总体规划》，10年来，北京经济社会迅猛发展，10年前总体规划所确定的部分目标已经提前实现，规划空间容量趋于饱和，难以容纳新的城市功能。
具体看来，北京市的大城市问题日益显现，共患有城市中心区功能过度聚集，城乡二元结构下的空间发展缺乏协调，区域协调不够等多种病症。原有规划思想面对发展中的新问题，需要及时调整和补充。
有关部门也已经认识到了其中的问题，自2002年12月起，北京市规划委员会组织中国城市规划设计研究院、北京市城市规划设计研究院和清华大学三家编制单位，开展了《北京城市空间发展战略研究》的编制工作。
经过专家分析，目前北京城市空间发展的制约条件有：有限的土地资源及绿色空间对人口及建设规模的制约；适宜人口密度的制约；水资源条件的制约；空间布局制约。
★新规划
确定三步走战略
通过对国内外首都城市的发展趋势，特大城市的发展趋势，城市文化的发展趋势的分析，基于以人为本和可持续发展的理念，专家提出了北京新的四大定位和三步走战略。
北京新的四大定位是，国家首都———政治中心，国际交往中心；世界城市———世界级服务中心，世界级大都市地区的核心城市；文化名城———文化、教育、科技创新中心，世界历史文化名城；宜居城市———充分的就业机会，舒适的居住环境，创建以人为本、可持续发展的首善之区。
根据北京未来的发展目标，有关部门还提出了分阶段三步走目标，第一步：2003年至2008年。率先在全国基本实现现代化，构建现代化国际大都市的基本框架。第二步：2009年至2020年。全面实现现代化，确立北京具有鲜明特色的现代化国际大都市的地位。第三步：2021年至2050年左右。北京将建设成为经济、社会、生态全面协调发展的可持续的城市，进入世界城市行列。
★两轴两带
明确区位功能
在新的规划中，专家结合北京城市的轴线布局特点和自然地理特征，提出要在继承发展城市传统中轴线和长安街沿线十字轴的基础上，强化政治、文化与首都经济发展的职能。在其外围构建“东部发展带”和“西部生态带”。
“两轴”是北京城市的精髓，应结合传统中轴线和长安街的延伸，全面实现保护与发展，从空间布局上体现首都政治、文化、经济职能的发挥。“东部发展带”北起怀柔、密云，重点发展顺义、通州、亦庄，东南指向廊坊、天津，与区域发展的大方向相一致，应主要承接新时期的人口产业需求。“西部生态带”与北京的西部山区相联系，既是北京的生态屏障，又联系了延庆、昌平、沙河、门城、良乡、黄村等，应实现以生态保护为前提的调整改造，各级城镇主要发展高新技术、高教园区等环保型产业，为北京建成最适宜人居住的城市奠定基础。“多中心”是指在市区范围内建设不同的功能区，分别承担不同的城市功能，以提高城市的服务效率和分散交通压力，如CBD、奥运公园、中关村等多个综合服务区的设定。在市域范围内的“两带”上建设若干新城，以吸纳城市新的产业和人口以及分流中心区的功能。
