1、全国医药类前8名
在校友会2020年全国大学排名中，学校位列全国第130位，医科大学第8位，低于天津医科大学，高于中国医科大学；
在2020年中国最佳大学随机排名中，位列全国第47位，医科大学第3位，仅低于北京协和医科大学和首都医科大学。
不难看出，该校虽然位列医科大学前茅，但在全国的整体排名并不高。 造成这种现象的主要原因是大学排名一般是根据综合实力排名，而职业院校综合实力不强，因此在排名上不具备优势。
2、医学专业实力突出
目前，学校拥有一级（二级）学科博士学位授权点62个，交叉学科博士学位授权点3个； 一级（二级）学科硕士学位授权点76个； 博士后科研流动站7个。 主要学科门类如下：
1）国家重点学科（二级学科）：病理学与病理生理学、内科学-心血管病、劳动卫生与环境卫生学、药理学；
2）ESI排名全球前1%的学科：分子生物学与遗传学、生物学与生物化学、神经科学与行为学、药理学与毒理学、免疫学、普通社会科学、化学；
（临床医学学科跻身全球前千名）
此外，学校还拥有5个国家级特色专业、8个国家级一流本科专业建设点、10个省级一流专业建设点。
3、学科A+的两所“四非”院校之一
（这里的“四非”院校是指未入选985、211、“双一流”院校）
在教育部第四轮学科评估中，学校共有6个学科获评。 其中公共卫生与预防医学与华中科技大学位居全国第一。 是我国两所A+学科的“四非”大学之一，另一所是黑龙江中医药大学。 具体学科如下：
A+：公共卫生和预防医学
B+：基础医学、临床医学、口腔医学
乙：药房
值得注意的是，少数985和211大学没有被评为A+的科目。 可见，南京医科大学的医学学科实力非常不错。
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